LiSyM-Cancer project data for integration into public repositories based on FAIR principles

LiSyM-Krebs ist ein nationales Forschungsnetz zur Früherkennung und Prävention von Leberkrebs, das unter Verwendung des systemmedizinischen Forschungsansatzes die komplexen, dynamischen Prozesse der Krankheitsprogression analysiert, um ausgehend von den Erkenntnissen aus dem Forschungsnetz LiSyM die Entstehung von Leberkrebs besser zu verstehen, vorherzusagen und im besten Fall sogar zu verhindern. LiSyM-Krebs setzt die erfolgreichen Forschungsaktivitäten der BMBF-Vorgängerprogramme ...

Forschungsnetzwerk zur Früherkennung und Prävention- LiSyM-Krebs

Ein Netzwerk von Klinikern, Wissenschaftlern und Datenmanagern hat sich zur Aufgabe gemacht, Methoden zu entwickeln, um Patienten mit einem hohen Risiko für ein Leberkarzinom frühzeitig, in Vorstadien der Tumorentwicklung, identifizieren zu können. Gemeinsam bilden sie das „Systemmedizinische Forschungsnetzwerk zur Früherkennung und Prävention von Leberkrebs“, LiSym-Krebs, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung ...

SMART-NAFLD : A Systems Medicine Approach to Early Detection and Prevention of Hepatocellular Carcinoma in Non-Alcoholic Fatty Liver Disease

The massive increase in obesity is leading to an alarming rise in non-alcoholic liver disease (NAFLD). This development will lead to a dramatic increase in liver diseases such as hepatocellular carcinoma (HCC). A particular challenge is that NAFLD-associated HCCs, for reasons still unknown, not only occur in association with advanced liver fibrosis/cirrhosis, ...

DEEP-HCC - Detailed Analysis of the Spatial Organization of the Development of Hepatocellular Carcinoma

C-TIP-HCC- Mechanism-based Multiscale Model to Dissect the Tipping Point from Liver Cirrhosis to Hepatocellular Carcinoma

The ultimate goal of the C-TIP-HCC is a „mechanistic multiscale model to describe dynamic changes in regenerative nodes across a tipping point (TIP) towards development in patients with cirrhosis to facilitate early monitoring and intervention“ and facilitate intervention“. To achieve this, we will conduct in-depth studies on cirrhotic regenerative nodes.

Several proteomics experimental data

OTHER OMICS DATA

METABOLOMICS

GENOMICS/TRANSCRIPTOMICS

RNA sequence data

Western blot

DNA sequence data

Empty SOP template based on nature protocol format and reqiremeents

Liver is the major site for glycogen storage. Glycogen content can be significantly altered upon disruption of glucose homeostasis in metabolic syndromes, such as diabetes.

Glycogen content can be determined by an acid-hydrolysis method . Basically, glucose, the hydrolysis product of glycogen, is converted into glucose-6- phosphate (G-6-P) by hexokinase in the presence of ATP.

With the supply of NADP, G-6-P is further converted into 6-phosphogluconic acid by G-6-P dehydrogenase (G-6-PDH), while ...

This protocol details the RNAseq sample preparation starting with mRNA and ending with quality control of finished libraries. This protocol was used specifically for virus mRNA samples related to ORFeome lab group.